Juan Enrique Froemel fue nombrado Rector por la autoridad eclesiástica diocesana competente, a lo cual la Santa Sede otorgó el “nihil obstat” el 22 de agosto de 1985. Habiendo obtenido en 1980 el doctorado (Ph.D.) en Medición, Evaluación y Análisis Estadístico en Educación por la Universidad de Chicago, era en ese momento profesor jerarquizado de la Cátedra de Evaluación Educacional del Instituto de Educación y subdirector de la Oficina de Estudios y Planificación de la Universidad.
Desde un comienzo mostró una postura como académico universitario, respetuoso del pluralismo y la tolerancia. Durante su gestión, la institución tuvo que enfrentar situaciones de violencia provocadas por grupos extremistas y ocupaciones de oficinas de Casa Central. Por otro lado, la Universidad acogió a estudiantes que habían sido expulsados en otras instituciones a raíz de su participación política.
Durante su administración, se generó una relación directa con las direcciones internas como también con los profesores, a través de constantes visitas a las Unidades Académicas, manteniendo una política de relaciones muy fluidas que lograron desarrollar un ambiente muy positivo entre la autoridad y los miembros de la comunidad UCV.
El rector Froemel administró la Universidad en tiempos difíciles, pero se reconoce una posición de compromiso, estimulando la participación y generando espacios de integración y apertura en todos los niveles, manteniendo un diálogo de mucha franqueza y empatía con los planteamientos surgidos desde el estamento académico en un periodo conflictivo que requería capacidades especiales desde las autoridades para enfrentarlo.
Como rector además tuvo que enfrentar la política restrictiva del gobierno como consecuencia de la crisis de 1982, lo que afectó a las inversiones en equipamiento académico y de espacio físico. También tuvo que abordar el impacto del terremoto de 1985 que generó un daño en varios campus de la Universidad. En ese sentido, se aplicó una política de austeridad y de estímulo a desarrollar proyectos de asistencia técnica, lo que permitió duplicar los ingresos en 1987 en relación a 1985.
Durante su rectorado se creó, en 1988, la Dirección General de Cooperación Técnica, mejorando el vínculo entre las unidades académicas y el sector productivo. Asimismo, en su período se redactaron por una comisión ad-hoc los Estatutos Generales de la Universidad, los que luego de ser aprobados por el Consejo Superior, fueron autorizados por la entonces Congregación para la Educación Católica de la Santa Sede y promulgados a través del Decreto Nº1 del Gran Canciller con fecha 23 de abril de 1990. También se creó el Servicio de Asistencia Religiosa, que fue encabezado por su primer director el padre Pedro Gutiérrez. En 1986, se desarrolló en la Universidad con apoyo de las autoridades, por primera vez, un evento de promoción a los Derechos Humanos.
